Lange ging man davon aus, daß die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Niederroßla mit der von Apolda im Jahre 1119 übereinstimmt.
Nach Auskunft des Thüringischen Hauptstaatsarchivs Weimar aber wird ein Ort Roßla in Thüringen bereits in einer Urkunde des Kaisers Otto III. vom 15. September 996 erstmals erwähnt. Otto schenkte laut diesem Schreiben dem zu gründenden Kloster bei S. Kilians Zelle in Würzburg den Ort Roßla mit allem Zubehör. Offen allerdings bleibt, ob unter dem erwähnten „Iocum Roßla" Niederroßla an der Ilm oder Roßla im Helmegau bei Sangerhausen gemeint ist, Die besagte Urkunde befindet sich im Bayrischen Hauptstaatsarchiv in München.
Im frühen Mittelalter gab es noch nicht die Unterscheidung zwischen Niederroßla und Oberroßla. Es war noch ein Ort, und die Siedlungen erstreckten sich entlang der Ilm. Erst im 12. Jahrhundert erfolgte die Trennung des Dorfes in Nieder- und Oberroßla.
Die Wasserburg, die Ritter von Roßla und andere Burgherren Wann genau eine erste Burganlage errichtet wurde, ist nicht sicher, Fest steht, die heutige Wasserburg hatte Vorgänger, Vermutlich war die erste Befestigung eine Wallburg, die ihre Ursprünge in der Römerzeit, vielleicht sogar schon in der Eisenzeit hatte. Es ist anzunehmen, daß sie an fast der gleichen Stelle stand, wie die heutige Burg. Später gehörte die Befestigung an der Ilm möglicherweise auch zu den Bollwerken, die das Reich der Thüringer gegen die im 6. Jahrhundert vordringenden Sorben verteidigen sollten.
Die Wasserburg wurde aller Wahrscheinlichkeit nach im 11. oder 12. Jahrhundert erbaut. Damals stand das Rittertum in seiner vollsten Blüte, und auch die Ritter zu Roßla hatten ein Interesse, ihren Besitz an der Ilm durch eine Burg zu sichern.
Ein Diethmarus von Roßla wird erstmals in der Urkunde von 1119 genannt, in der auch die Stadt Apolda ihre erste Erwähnung findet. Er soll seinen Sitz auf der Wasserburg gehabt haben. Im Jahr 1191 findet sich ein Lupf von Roßla und 1221 bzw. 1231 werden Heinrich und Friedrich von Roßla erwähnt. Weiterhin benannt sind 1241 ein Ritter Wiederhold von Roßla, 1261 Hugo von Roßla, 1264 Hermann von Roßla und 1296 Heinrich von Roßla, Im Jahre 1371 ist letztmalig ein Herr von Roßla urkundlich nachgewiesen.
Nachdem das Rittergeschlecht derer von Roßla ausstarb, erschienen die Schenken von Apolda - Heinrich von Polen und Heinrich der Jüngere - als Eigentümer der Wasserburg Niederroßla. Damit ging die Burg in den Besitz derer von Vitzthum über Diese Familie zählte zu den mächtigsten und reichsten, aber auch zu den streitsüchtigsten Adelsgeschlechtern ihrer Zeit. Eine besonders unrühmliche Rolle spielte sie im sogenannten Bruderkrieg. Dabei ging es um die 1445 vollzogene Landesteilung durch die Söhne von Kurfürst Friedrich dem Streitbaren. im jahrelangen Erbzwist der Brüder Wilhelm und Friedrich mischten die Vitzthums immer wieder mit. 1447 schließlich opferte Apel von Vitzthum das Stammschloß Niederroßla für Orte in Franken. Die Wasserburg fiel in die Hände Wilhelm III., des Tapferen. Er richtete das Amt Roßla, bestehend aus Rechnungs- und Justizamt, für damals sieben Dörfer in der Burg ein.
Im Jahre 1482 verstarb Wilhelm III., der Tapfere, kinderlos. Niederroßla wurde zu Altenburg gehörig und das Amt Roßla erweitert. Ihm unterstanden die Orte Nieder- und Oberroßla, Pfiffelbach, Zottelstedt, Mattstedt, Wickerstedt, Stadt-, Bergund Dorfsulza. Zinspflichtig gegenüber dem Amt Roßla waren außerdem Oberndorf, Sulzbach, Wormstedt, Utenbach, Pfuhlsborn, Stobra, Neustedt, Eckartsberga, Thüsdorf, Nieder- und Oberreißen, Buttstädt, Rudersdorf, Rehehausen, Darnstedt und Rannstedt.
Als 1672 das Geschlecht Sachsen-Altenburg ausstarb, kam durch die darauffolgenden Landesteilungen Niederroßla zu Weimar.
Im Jahr 1738 ließ der Weimarer Herzog Ernst August die Burg umbauen. Dabei wurden die Burgzinnen abgetragen, und der heute 56 Meter hochragende Turm erhielt seine spitze Haube. Außerdem wurde das Schloß mit dem Haupttor errichtet. Weitere Bauten folgten in späterer Zeit. Es entwickelte sich ein beachtliches landwirtschaftliches Gut, das verpachtet wurde. Letzter Pächter war Richard Hauptner von 1925-1946.

Während der ersten Nachkriegsjahre diente der barocke Schloßkomplex als Bürgermeisteramt, und es waren auch Umsiedlerfamilien dort untergebracht. 1947 wurden auf Anordnung der sowjetischen Besatzungsmacht das Herrenhaus und die Gesindewohnungen abgebrochen. Damit war Erhaltenswertes für immer zerstört. Der danach beginnende allgemeine Zerfall der Burg nahm erschreckende Ausmaße an. Durch die Zusammenarbeit des Instituts für Denkmalpflege und des Rates der Gemeinde wurde die Burg rekonstruiert und die Bausubstanz erneuert. Im Westflügel entstanden Wohnungen und eine Turnhalle. Auch eine Schulküche wurde im ehemaligen Rittersaal eingerichtet. Diese Um- und Ausbauarbeiten endeten 1976 mit der Neueindeckung der Turmspitze. 1995 schließlich folgte die bauseitige Sicherung des Ostflügels.
Am 1. April 2008 kam es für die Burg zu einer Katastrophe. Aus dem bis dahin nicht bekannten schlechten Zustandes des Mauerwerks stürzte der Nordgiebel der Burg ein. Seitdem läuft der Wiederaufbau, welcher aus Spenden (96.000 €) und Fördermitteln (200.000 €) finanziert wird.

---